本專項中央預算內投資應用于計劃新開工或續建項目，原則上不得用于已完工項目。

本專項資金安排方式以直接投資為主，對確需支持的經營性項目，主要采取資本金注入方式，也可以適當采取投資補助等方式。

重點支持領域。包括蓄滯洪區建設工程、病險水庫除險加固、大中型病險水閘除險加固等。對東、中、西、東北地區，分別按照項目投資的60%、70%、80%、80%予以支持。小型病險水庫除險加固工程，按照小(1)型500萬元、小(2)型200萬元的總投資基數，分省份打捆下達中央預算內投資，由地方統籌安排使用。

防洪排澇工程。包括江河防洪治理、重點區域排澇能力建設、海堤工程、水文基礎設施等。對東、中、西、東北地區，分別按照項目投資的50%、60%、70%、70%予以支持。江河防洪治理工程支持大江大河大湖干流，以及流域面積3000平方公里以上的重點中小河流（包含防洪關系緊密但流域面積不足3000平方公里的附屬支流部分河段和回水段）。

水生態治理工程。包括水土保持、重點水生態治理工程等。對東、中、西、東北地區，分別按照項目投資的40%、50%、70%、70%予以支持。建設內容不含水污染治理、水景觀建設等。